Afdelingerne

Forvaringscentrets 22 bygninger udgør et normalafsnit, et særligt sikret afsnit, et afsnit for terrorefterforskning og et afsnit med særlige vilkår.
Inden for de nævnte afsnit findes endnu en opdeling.
I normalafsnittet er del Alpha, der fungerer som modtagerafdeling for de tilbageholdte med alderen over 15 år, og del Foxtrot, som er modtagerafdeling for tilbageholdte med alderen under 15 år.
I det særligt sikrede afsnit findes del Echo, som indeholder isolationsceller, del Delta som er en ekstra sikker afdeling for de særligt farlige og del Hotel for de psykisk syge.
I afsnittet med de særlige vilkår er del Bravo for de frifundede, del Charlie for de samarbejdsvillige og del Golf, som er Lejrens hospital.
I afsnittet for terrorefterforskning findes del India, som indeholder forhørslokaler samt en række eneceller.
Opdelingen af de tilbageholdte i ovennævnte grupper sker med henblik på at højne sikkerheden i Lejren og forbedre arbejdsmiljøet for de ansatte. Også baraktypen varierer mellem de forskellige bygningsafsnit.